В большинстве случаев ультразвуковое исследование не имеет противопоказаний. Исключением является лишь внутриректальное УЗИ при определенных заболеваниях прямой кишки. Проведение ультразвукового исследования не является вредным, поэтому его можно проводить столько раз, сколько это необходимо для постановки диагноза.
Также есть ряд технологических ограничений УЗИ: например, при обследовании легких, желудка и кишечника. Это связано с особенностями тканей данных органов.